Uns estudantes, Yumi, Jeremy, Odd e Ulrich descobriram por acaso um mundo virtual chamado "Lyoko". Aconteceu quando estavam dentro de uma velha fábrica abandonada, onde encontraram um grande computador "o supercomputador" que controla Lyoko. Gigantescos scanners permitem aos nossos amigos serem transferidos para Lyoko. Ali conhecem uma jovem humanóide-virtual, Aelita.

X.A.N.A. é um vírus que infectou o super computador e para além disso ameaça destruir o mundo virtual, e, como se não bastasse, controlar a Terra!

Para o conseguir X.A.N.A. criou monstros para combater os nossos heróis em Lyoko e ataca a Terra tomando posse de objectos, animais ou seres humanos. Tanto o mundo real como Lyoko estão em perigo!

Mas a aventura não termina aí, X.A.N.A. torna-se cada vez mais forte e cria novos monstros no mundo de Lyoko. Para o vencer só existe uma solução: Encontrar o antivírus que desactivará X.A.N.A. graças ao diário de Franz Hopper, o criador de Lyoko.

Poderão os nossos heróis acabar com a ameaça de X.A.N.A.? Não podemos saber, mas eles são valentes e estão dispostos a correr o risco!